Предшественником Университета традиционной китайской медицины провинции Аньхой является курсы повышения квалификации по традиционной китайской медицине провинции Аньхой, основанные в 1952 году. В 1959 году Народное правительство провинции Аньхой утвердило создание Аньхойского института традиционной китайской медицины. В 2011 году был создан Академия традиционной китайской медицины провинции Аньхой. В 2013 году Министерство образования согласилось на переименование Аньхойского института традиционной китайской медицины в Аньхойский университет традиционной китайской медицины. В 2014 году был утвержден в качестве учреждения для строительства местного университета высокого уровня в провинции Аньхой. В 2023 году включен в список ключевых университетов для создания «двойного первокласса» в провинции Аньхой. Школа является национальной базой клинических исследований традиционной китайской медицины, национальной базой международного сотрудничества в области традиционной китайской медицины, а также учреждением, уполномоченным присуждать докторские степени и рекомендовать магистрантов для поступления без экзаменов. В настоящее время в школе имеются кампусы на озере Шаоцюань, на улице Мэйшань и на улице Шихэ.
