Основой для создания Гуанси университета традиционной китайской медицины послужил Гуанси провинциальный институт медицинских исследований в Наньнине, основанный в 1934 году. Университет был учрежден в 1956 году, в 1958 году переименован в Гуанси специализированную школу традиционной китайской медицины, в 1964 году получил статус Гуанси института традиционной китайской медицины, в 1970 году к нему присоединилась Наньнинская медицинская специализированная школа. В марте 2012 года, после одобрения Министерством образования Китая, он был официально переименован в Гуанси университет традиционной китайской медицины и является совместным проектом Государственного управления традиционной китайской медицины и Гуанси-Чжуанского автономного района.
